Das Programm das ich entwickele ist Teil eines größeren Projekts, das in Zusammenarbeit mit Medizinern entstanden ist.

Eine der Eingaben ist eine vorsegmentierte und klassifizierte Mikroskopaufnahme von Gewebe. D. h. es ist bereits bekannt welche Typen von Zellen in der Aufnahme vorhanden sind.

Die zweite Eingabe ist eine OWL-Datei, die eine Ontologie beschreibt. Eine Ontologie ist eine Wissensrepräsentation zu einem bestimmten Wissensgebiet, in diesem Fall zu Wissen über Zellen. Das OWL-Format gibt es in unterschiedlichen Ausdrucksstärken, in dieser Arbeit wird OWL-DL (Description Logic) verwendet. Wie der Name schon sagt handelt es sich dabei um eine Beschreibungslogik, mit der Klassen und Beziehungen zwischen diesen Klassen ausgedrückt werden können. Sowohl die Klassen als auch die Art der Beziehungen lassen sich dabei selbst definieren.

Meine Aufgabe besteht darin das Wissen, das in der Ontologie beschrieben ist, grafisch darzustellen. Dabei soll jedoch nur der Teil angezeigt werden, der für eine vorgegebene Mikroskopaufnahme relevant ist. Sind zum Beispiel in einer Aufnahme drei verschieden Typen von Zellen zu sehen, so soll nur das Wissen welches diese drei Zelltypen betrifft grafisch dargestellt werden.

Das Programm soll in C++ unter Verwendung des Qt Frameworks implementiert werden. Als Entwicklungsumgebung verwende ich Visual Studio 2008.

Ich habe damit begonnen mich in Qt einzuarbeiten. Dazu habe ich zuerst die Quelltexte kompiliert, was dank QtBuilder relativ einfach war. Mit Hilfe dieses Tutorials gelang mir die Integration von Qt in Visual Studio. Meine ersten Gehversuche mit Qt machte ich dann mit diesem WikiBooks.

Mein nächster Schritt ist nun das Einlesen einer OWL-Datei. Dazu wollte ich mir zwei XML-Parser (eine OWL-Datei ist syntaktisch gesehen ein XML-Dokument) genauer ansehen. Zum einen den Qt-eigenen XML-Parser und zum anderen Xerces. Der Vorteil von Xerces ist, dass man beim Einlesen das XML-Dokument gegen ein XML-Schema validieren lassen kann. Vielleicht finde ich auch noch eine geeignete Bibliothek, die OWL direkt parsen kann.

Ich habe mir vorgenommen meine Erfahrung während der Implementierung, aber auch während des späteren Schreibens meiner Diplomarbeit in diesem Blog festzuhalten. Ich werde wohl nicht jeden Tag etwas hier reinschreiben, werde aber versuchen alle wichtigen Schritte zu dokumentieren.